Estos ecosistemas complejos sostienen una amplia variedad de plantas y animales. En estas áreas existen animales como: jaguar, venado cola blanca, ocelote, mono cara blanca, yaguarundis, mono araña, mono aullador, tigrillo, puma, danto, zorro, coyote, nutria, manatí, guatuza etc. Adicionalmente mas de 375 especies de aves y cerca de 200 especies de anfibios y reptiles existen en esas áreas. Muchas de esas especies son consideradas raras, amenazadas y en peligro de extinción tales como el águila arpía, jaguar y tapir, etc. Sin embargo se conoce muy poco acerca de la ecología y de los recursos de la zona. En un estudio rápido en 1980, 6% de las plantas inventariadas fueron nuevas para la flora hondureña. Los estudios detallados de fauna son escasos, pero la información disponible indica que la región es extremadamente interesante faunisticamente. Información completa de la fauna hondureña puede ser consultada en Guía de campo de los Mamíferos de Honduras de Leonel Marineros y Francisco Martínez Gallegos.
De igual importancia para la diversidad de hábitat es el hecho que Honduras representa una importante unión en la transición entre plantas y animales de los reinos neolítico y neotropical. El bosque húmedo tropical de las tierras bajas de Centro América es restringido y discontinuo en el norte y este de Honduras y forma el primer filtro natural de la expansión septentrional de la biota del bosque pluvial al norte de Panamá.
Aunado a lo anterior, existe el hecho de que en Honduras existen 7 grupos étnicos, muchos de los cuales conservan aun intactas sus costumbres y tradiciones. Entre los grupos podemos mencionar, los Pech ubicados en el sector oriental del país en los departamentos de Colón y Olancho; Tawahkas, ubicados a orillas del Río Patuca en el Departamento de Olancho y Gracias a Dios. Son el grupo más remoto y existen actualmente alrededor de 900 habitantes. Misquitos, que habitan en el departamento de Gracias a Dios, ellos hablan misquito y están bien organizados en federaciones y su población es alrededor de 50,000 habitantes; los Garífunas habitan a lo largo de la Costa Caribeña, hasta Cabo Camarón en Plaplaya, departamento de Colón. Los Garífunas, de descendencia africana e indígena, suman cerca de 100,000 habitantes, ellos poseen una clara identidad cultural y lingüística; los Lencas viven principalmente en el occidente del país en los departamentos de Lempira, parte de Ocotepeque, Intibucá y La Paz. Son un grupo bastante numeroso, pero han perdido prácticamente su lengua y están fuertemente influenciados por ladinos; Los Chortés habitan el occidente del país en la parte norte del departamento de Copan y Ocotepeque. Al igual que los Lencas, los Chortís están fuertemente intervenidos por culturas ladinas. Los Tolupanes, viven en el departamento de Yoro y Francisco Morazán. Son un grupo que conservan su propia lengua, costumbres y tradiciones
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